Mengenal Metode Pemeriksaan WGS dan SGTF untuk Deteksi Varian Omicron

JawaPos.com - Sejak awal pandemi Covid-19, masyarakat mengenal pemeriksaan spesimen dilakukan dengan tes PCR atau polymerase chain reaction. Lalu belakangan berkembang dilakukan pemeriksaan antigen. Kini, untuk mendeteksi berbagai varian di dalam spesimen itu, metode yang dilakukan lebih detail lagi dengan menggunakan Whole Genome Sequencing (WGS) hingga sistem SGTF (S-gene target failure). Apa itu?

Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin mengumumkan pihaknya sedang menunggu hasil dari pemeriksaan 5 kasus probable Omicron yang saat ini tengah diperiksa dengan dua metode itu. Hasilnya baru akan terlihat dalam 3 hari ke depan.

"Di luar pasien yang sudah terkonfirmasi positif, Kemenkes juga mendeteksi 5 kasus probable Omicron. Belum pasti Omicron tapi karena kita tes PCR dengan spesifikasi khusus sehingga target failure ada 5 kasus probable Omicron," kata Menkes Budi Gunadi Sadikin dalam keterangan virtual, Kamis (16/12).

Lima kasus probable tersebut terdiri dari 2 kasus yaitu WNI yang baru kembali dari AS dan London. Kedua WNI itu saat ini diisolasi di Wisma Atlet. Dan 3 kasus probable lainnya adalah WNA dari Tiongkok yang datang ke Manado dan diisolasi di Manado.

"Sekali lagi 5 orang ini probable karena baru dites PCR dengan marker khusus. Dan sampelnya sudah dikirim ke Litbangkes untuk dilakukan Whole Genome Sequencing. Diharapkan dalam 3 hari ke depan akan ada kepastian apa benar ini Omicron apa bukan," kata Menkes Budi.

Lalu apa yang dimaksud kedua tes itu? Epidemiolog dari Griffith University Australia Dicky Budiman menjelaskan kedua sistem ini efektif untuk mendeteksi varian Covid-19 termasuk Omicron. Dan untuk di daerah, kata dia, dengan keterbatasan pemeriksaan metode WGS, maka bisa melakukannya dengan SGTF.

“Lalu yang 5 probable, benar bisa dilakukan WGS untuk memastikan betul atau tidaknya Omicron. Nanti kalau memang dari 5 itu hasilnya 100 persen semuanya Omicron, berarti STGS efektif dipakai di Indonesia untuk mendeteksi Omicron. Ini akan bermanfaat untuk daerah yang punya keterbatasan WGS,” katanya.

“Nah kesimpulan lainnya, munculnya Omicron tak mengejutkan, dan tak usah panik. Tak usah lockdown sebagainya, yang penting 5T, 3M dan vaksinasi,” katanya.

Pemerintah menggunakan teknologi RNA dengan sistem SGTF (S-gene target failure). Sistem SGTF adalah RNA yang mampu melakukan pemeriksaan probable Omicron dan teknologi terbaru ini diterapkan di beberapa pintu masuk.

Penggunaan teknologi reagen polymerase chain reaction (PCR) metode S-gene target failure (SGTF) diklaim bisa memberikan indikasi awal pada hasil positif Covid-19 Omicron. Cara kerja metode S Gene Target Failure (SGTF) untuk mendeteksi virus Omicron dilakukan ketika Gen S pada hasil tes laboratorium menggunakan Polymerase chain reaction (PCR) tak mampu mendeteksi gen S pada sampel.

PCR memang memeriksa beberapa gene. SGTF membuat gen S-nya tidak bisa terdeteksi atau target failure seperti yang diungkap oleh Menkes Budi Gunadi Sadikin dalam paparan sebelumnya.