Tes PCR Tetap Efektif Deteksi Covid-19 Apapun Variannya

JawaPos.com - Meskipun Covid-19 telah bermutasi dalam berbagai varian, namun masih dapat diidentifikasi menggunakan alat uji diagnostik Polymerase Chain Reaction (PCR) yang beredar saat ini. World Health Organization (WHO) dan Center for Disease Control and Prevention (CDC) pun menyatakan bahwa salah satu alat uji diagnostik seperti PCR masih mampu mendeteksi virus Covid-19 apapun variannya termasuk Omicron ataupun turunannya seperti BA.2.

"Termasuk di Indonesia, kembali saya tegaskan bahwa sampai saat ini PCR yang beredar masih efektif untuk mendeteksi orang yang positif Covid-19. Hal ini tentunya tidak terlepas dari cara kerja PCR, yaitu dengan mendeteksi materi genetik virus," kata Juru Bicara Pemerintah untuk Covid-19 Prof Wiku Adisasmito dalam keterangan Satgas Covid-19, Kamis (3/2).

Prof Wiku mengedukasi secara rinci bagaimana cara kerja metode alat uji PCR dan upaya lanjutan dengan whole genome sequencing (WGS) dalam menentukan varian virus Covid-19.

Untuk metode PCR bekerja dengan mencocokkan gen target PCR dengan kode genetik virus. Kode genetik virus ini ada yang mudah berubah karena seperti gen S yang menyandi spike atau tangan-tangan virus. Sedangkan gen yang cenderung tetap misalnya gen E dan N.

PCR sendiri dapat terdiri dari satu atau lebih gen target. Namun, untuk PCR yang hanya memiliki 1 target gen S saja, kini sudah tidak direkomendasikan WHO. Karena, gen S virus sangat mudah berubah. Yang direkomendasikan WHO ialah PCR dengan lebih dari 1 target dengan target gen yang cenderung tetap.

Contohnya seperti Omicron, membutuhkan upaya lanjutan menggunakan metode WGS dalam menentukan varian. Dikarenakan Omicron adalah varian dengan perubahan pada gen S yang sangat besar. Sehingga dengan PCR yang beredar saat ini tidak dapat mendeteksi gen S pada varian Omicron.

Jika menggunakan PCR dengan lebih dari 1 target gen pada Omicron, maka hasil yang dimunculkan adalah gen S tidak terdeteksi, sementara gen lain terdeteksi. Lebih jelasnya, PCR dengan target gen S, N, dan E, hanya gen S yang tidak akan terdeteksi, sementara gen E dan gen N terdeteksi. Hasil seperti ini yang disebut sebagai S gene target failure (SGTF).

PCR juga tidak dapat mengenali keseluruhan kode genetik virus satu per satu. Sehingga PCR tidak dapat pula mengenali atau membedakan varian virus. Oleh sebab itu, hasil SGTF pada PCR tidak dapat menjadi kesimpulan identifikasi suatu varian. Sehingga dibutuhkan upaya melalui metode pengujian WGS.

Cara kerja WGS berbeda dengan PCR. Apabila PCR hanya dapat mengenali gen yang menjadi targetnya saja, WGS mengurutkan kode genetik virus satu per satu secara keseluruhan dari awal hingga akhir. Melalui kode genetik utuh tersebut varian dapat dikenali dan dibedakan.

Deteksi Subvarian BA.2
Sementara itu, saat ini sudah muncul salah satu jenis varian Omicron, yang disebut sebagai BA.2. Omicron BA.2 bukanlah varian baru dan masih masuk sebagai varian Omicron. Selain BA.2 terdapat 3 jenis varian Omicron lainnya yaitu B.1.1.529, BA.1, dan BA.3.

Yang berbeda adalah, perubahan yang terjadi pada gen S Omicron lainnya, tidak terjadi pada BA.2. Sehingga, gen S pada BA.2 masih terdeteksi oleh PCR dan tidak memunculkan hasil SGTF. Dengan kata lain, hasil PCR Omicron BA.2 sama dengan varian lainnya meskipun BA.2 merupakan varian Omicron.

Meski demikian, Prof Wiku mengingatkan kembali apapun varian yang beredar, hal yang terpenting untuk dilakukan adalah mengidentifikasi orang positif Covid-19 agar rantai penularan dapat diminimalisir. Mengidentifikasi dan memisahkan orang yang terinfeksi Covid-19, menjadi langkah penting untuk mencegah meluasnya penularan yang berpotensi menimbulkan lonjakan kasus.

"Dengan memutus rantai penularan, potensi lonjakan kasus dapat dicegah. Dalam hal ini, PCR masih efektif untuk mengidentifikasi orang yang positif Covid-19 apapun variannya," tegas Prof Wiku.